Die archäologischen Ausgrabungen begannen im Jahr 2003 dank eines Forschungs- und Aufwertungsprojekts, das von der Gemeinde Cavaion gefördert und von der damaligen Oberaufsichtsbehörde für das archäologische Kulturerbe Venetiens mit Unterstützung der Region geleitet wurde. Sie brachten auf dem Gipfel des Monte San Michele eine mittelalterliche Siedlung zutage, die von Befestigungsanlagen umgeben war und sich über mehrere Terrassen erstreckte. Auf der höchsten Terrasse wurden Gebäude mit Spuren von Feuerstellen und Lehmböden freigelegt. Die beträchtliche Größe einiger Räume, die in der Mitte von einem oder zwei Pfeilern gestützt werden, deutet auf die dauerhafte Anwesenheit einer militärischen Garnison hin, die mit den Kriegsereignissen in diesem Gebiet während des Krieges von Venedig und Mantua gegen die Familie Da Carrara (1404) und dem anschließenden Krieg der Liga von Cambrai in Verbindung steht. Unterhalb des Hügels steht seit dem 11. Jahrhundert die Kirche San Michele, die für die Seelen der Einwohner von Cavaion und Incaffi bestimmt ist. Rund um die Kirche entwickelte sich seit ihrer Gründung ein Friedhofsbereich, der durch mehrere Bestattungen von Erwachsenen und Kindern in der nackten Erde dokumentiert ist und dessen Vorhandensein auch in einigen Testamenten aus dem 15. Jahrhundert und in den Aufzeichnungen der Pastoralbesuche festgehalten ist. Die Untersuchungen unterscheiden fünf Bauphasen des Kirchenkomplexes zwischen dem Ende des 11. und dem 15. Jahrhundert.

PHASE (Ende 11. Jh.): Bau des ersten Kirchengebäudes, das durch eine Apsis und ein 9 m langes Kirchenschiff gekennzeichnet ist.

PHASE (Ende 12. Jh.): Die ursprüngliche Westfassade wird abgerissen und das Kirchenschiff auf 13,60 m verlängert. Im Zuge der beiden romanischen Baustellen wurden im Inneren der Kirche zwei Öfen zum Gießen von Bronzeglocken errichtet.

PHASE (13. Jh.): Die Kirche wurde nach Norden hin um eine zweite Apsis erweitert. Diese Phase kann dank bedeutender Münzfunde in dieses Jahrhundert eingeordnet werden.

PHASE (14. Jh.): An der Nordseite der Kirche wird ein Wohnkomplex für die Einsiedler errichtet, der aus kleinen Räumen besteht, die eine große rechteckige Fläche umgeben, die teils bebaut ist, teils einen Hof und teils einen Friedhof beherbergt.

PHASE (15. Jh.): Der gesamte Wohnkomplex wurde um den zentralen Hof herum umgestaltet, der mit einem Brunnen im venezianischen Stil ausgestattet war.

Urkunden über Pastoralbesuche zwischen dem 16. und 18. Jahrhundert bezeugen weiterhin die - wenn auch sporadische - Anwesenheit der Kirche, nachdem die Pfarrkirche St. Johannes der Täufer seit dem 14. Jahrhundert als Pfarrei anerkannt war. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts von französischen Soldaten schwer beschädigt, wurde die Kirche später wieder aufgebaut, erlitt jedoch in der Folgezeit einen derartigen Verfall, dass sie 1807, als sie nach den napoleonischen Unterdrückungen vom königlichen Staat übernommen wurde, hoffnungslos baufällig war und in Trümmern lag. Einige der heiligen Steine wurden in den ersten Jahrzehnten des 19. Jahrhunderts beim Bau der neuen Pfarrkirche von Cavaion wiederverwendet.